微型濾油機操作前將沖好孔的濾紙，仔細地夾在每個濾板、濾框之間，每層濾紙數量一般為1-2張，視過濾的要求和濾紙的質量而定，在夾放濾紙時，不要偏移造成泄漏，影響過濾效果。
濾紙在使用前應進行干燥，干燥溫度120℃左右。
使用已用過的濾紙時，濾紙必須經過烘干，并應無任何破損，注意有濾渣的一面（即臟的一面）應對著濾框放置，不應對濾板，以免濾渣在這濾時被沖洗下來，污染過濾后的油液。
當過濾壓力較高，發現濾紙有沖破現象時，可以在靠濾板的一面襯以濾布，以增加濾約的強度。
放好濾紙后，轉動手輪將濾約板壓緊，壓緊板時，只許一人，并且不能加長壓緊手柄進行壓緊，以免損壞機器。
將取樣油嘴關閉，如排油管道上用戶有閥門時，應將閥門旋開。接通電動機的電源，使濾油機工作，濾油機的正常工作壓力隨濾油粘度大小，及排出管道的阻力而變，一般在0.05-0.3MPa范圍內，過濾的初始壓力較低，隨著過濾時間增長，濾渣和濾紙吸收水份的增多而使壓力逐漸增高，達到一定程度時（隨用戶對油的要求而異）應更換濾紙。
在濾油過程中，提取油樣時，可以旋開油嘴取樣。
停機時，先打開進氣閥，待出油管無油后停機，關閉進出油閥，停止油泵，松開壓緊裝置，逐片的取出濾紙，清洗濾紙和濾框內濾渣，更換濾紙重新夾好壓緊，蓋上油箱。最后，清洗粗濾器，清洗后重新蓋好擰緊螺栓，待下次再用。
